Свидетельство о прививке против желтой лихорадки требуется от всех путешественников в возрасте более 1 года, прибывающих из районов распространения этого заболевания. Рекомендуется профилактика против тифа, гепатита В и тропической лихорадки.
Французская Полинезия обладает очень развитой и современной структурой здравоохранения. Существует множество клиник (как частных, так и государственных), аптек, госпиталей. На всех островах очень строго следят за гигиеной. Совершенно нет никаких ядовитых змей или скорпионов, во всех отелях есть услуги неотложной помощи лишь на случай порезов о кораллы или небольшой интоксикации, вызванной нежелательной встречей с морским ежом. Все эти травмы являются неопасными и легкими. Вследствие этого рекомендуется пользоваться пластиковыми тапочками во избежание порезов или ожогов о кораллы.
Вода в отелях и ресторанах пригодна для питья. Также есть минеральная вода в бутылках.
Несмотря на то, что водопроводная вода хлорируется, вся вода должна расцениваться как потенциально непригодная для употребления, особенно в первые дни пребывания на островах. Вся вода, используемая для питья, чистки зубов или создания льда, должна подвергаться предварительному кипячению. Молоко и молочные продукты обычно пастеризуются и безопасны для употребления. Мясо, дары моря и рыбу считают безопасными, но все-таки рекомендуется их потреблять только после предварительной тепловой обработки, предпочтительно горячими. Овощи должны быть тщательно вымыты и предварительно обработаны, а фрукты очищены от кожуры.
На большинстве островов нет никаких опасных для здоровья животных. На некоторых атоллах встречаются москиты и песчаные мушки "ноно", но их укусы относительно безвредны. В лагунах водится несколько разновидностей акул, главным образом совершенно безопасная черная акула, акула-нянька, а также скаты, мурены, барракуды, морские ежи и другие относительно опасные животные. С внешней стороны рифов фауна более агрессивна, однако за весь XX век во Французской Полинезии не зафиксировано ни одного случая нападения акул на людей.
Поскольку климат очень жаркий, а солнечное излучение агрессивно, необходимо предпринимать определенные меры против солнечной радиации, теплового поражения и обезвоживания. Рекомендуется иметь при себе солнцезащитные средства, головные уборы и легкую хлопковую одежду, закрывающую тело. Даже при погружении в воду можно сильно "обгореть" буквально за час - кристально-чистая вода работает как фокусирующая линза и совсем не спасает от ультрафиолета.
На атоллах Муруроа (южная группа островов Туамоту) и Фангатауфа (40 км юго-восточнее Муруроа) в течение почти 40 лет проводились испытания ядерного оружия. Французское правительство рекомендует воздержаться от посещения этих районов. Впрочем, корабли в те районы просто не ходят, да и самолет арендовать будет затруднительно.
